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1千年以上の歴史があり、既に奈良時代に存在が知られる。平安時代の『延喜式』（927年）「主計寮式」には諸国からの貢納品が記されており、鮓・鮨の語を多く見出だすことができる。九州北部、四国北部、近畿、中部地区に多く、関東以北には見られないのが特徴的。魚（または肉）を塩と飯で漬け込み熟成させる「なれずし」であると考えられている[13]。
古代の寿司の推移を見ると、平安時代の寿司は『今昔物語集』の「すし売りの女の話」や「太りすぎた三条中納言朝成の話」の記述によると、寿司は飯部分を除去して食されていたようであるが、鎌倉時代になると『沙石集』に記述されているように寿司は残り物の魚の加工品として登場し、米食が一般庶民に浸透する室町時代になって登場した「ナマナレ」によって、飯を一緒に食する習慣が生まれたようである[15]。
篠田統は、室町時代の『蜷川親元日記』（1465年-1485年）に見る「生成（ナマナレ）」という言葉を、発酵が十分でない鮨（鮓）の意味であると理解して、これは、「漬け床」の飯も共に食べるものであるとした[16]。また、吉野曻雄は、鎌倉時代から室町時代の諸記録や日記にみえる鮨（鮓）は「生成」であるとし[17]、日比野光敏は、「ナマナレ（生成）」の特質は、醗酵期間の短縮だけではなく飯の食用にあり、室町時代にはこれが主流となるとしたうえで、飯を食べないものを「ホンナレ」と称して区別した[18][19][14]。この変化は蒸して強飯として食べられていた米を、炊いて柔らかい姫飯として食べるようになった食生活の変化が生み出したとされる[20]。
しかしながら、室町時代以降に「なれずし」の発酵期間が短縮され、また、「漬け床」の飯も食用とされたということを史料で確認することはできない。櫻井信也によれば、奈良、平安時代以来、室町時代から織豊時代にかけても鮨（鮓）の多くを占めるのは鮎や鮒の「なれずし」であるが、各時代の鮎や鮒などの同じ種類の鮨（鮓）の「飯漬け」期間を比較して、その期間の「短縮」が証明されていたわけではない。奈良、平安時代においても、食材の種類や「飯漬け」の時季により、醱酵の度合いには差があり、数日間の発酵のものもあれば、1 – 2か月のものもあるとされる[21]。従来の見解は、数箇月間以上の「飯漬け」を行う現在[いつ?]の滋賀県の「ふなずし」を奈良時代以来の「なれずし」、これよりも「飯漬け」期間が遙かに短い和歌山県の鯖の「なれずし」などを「生成」であるとする理解から導き出されたものであるという。そして、「生成の鮨（鮓）」とは、十分な熟成を経ない半熟の鮨（鮓）ではあるが、飯を共に食するというものではなく、敢えて半熟状態のものを試みに賞翫するというもので、「鮒鮨（鮒鮓）」に限られていることから、これは「鮒鮨（鮒鮓）」の食方を意味する言葉であり、室町時代以降のそれまでの「なれずし」が「生成」になるという篠田統以来の従来の理解は誤りである。また、酢を調味料として食することに特徴があり、寿司に酢を用いる契機となったとされる。そのため、「ホンナレ」と「ナマナレ」という区別も改められなければならないことになる。
時代が下るとともに酒や酒粕、糀を使用したりと、寿司の発酵を早めるため様々な方法が用いられ即製化に向かう。そして1600年代からは酢を用いた例が散見されるようになる。岡本保孝著『難波江』に、「松本善甫という医者が延宝年間（1673年-1680年）に酢を用いたすしを発明し、それを松本ずしという」とあるが、日比野光敏によれば「松本ずし」に関する資料は他になく、延宝以前の料理書にも酢を使った寿司があるゆえ「発明者であるとは考えられない」としている。誰が発明したかはともかく、寿司に酢が使われ、酢の醸造技術も進んできて、いよいよ発酵を待たずに酢で酸味を得て食する寿司「早寿司」が誕生することになる。
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握り寿司（江戸前寿司）の誕生
「妖術と いう身で握る 鮓の飯」『柳多留』（文政12年〈1829年〉、作句は1827年）が、握り寿司の文献的初出である。握り寿司を創案したのは「與兵衛鮓」華屋與兵衛とも、「松の鮨（通称、本来の屋号はいさご鮨）」堺屋松五郎とも言われる（詳しくは江戸前寿司・江戸三鮨を参照）。『守貞謾稿』によれば、握り寿司が誕生すると、たちまち江戸っ子にもてはやされて市中にあふれ、江戸のみならず文政の末には関西にも「江戸鮓」を売る店ができた。天保の末年（1844年）には稲荷寿司を売り歩く「振り売り」も現れたという。この頃には巻き寿司も既に定着しており、江戸も末期、明治維新の足音も聞こえてこようかという時代になって、ようやく現代でもポピュラーな寿司が出揃った。
明治30年代（1897年-）頃から企業化した製氷のおかげで、寿司屋でも氷が手に入りやすくなり、明治の末あたりからは電気冷蔵庫を備える店も出てくる。近海漁業の漁法や流通の進歩もあって、生鮮魚介を扱う環境が格段に良くなった。江戸前握り寿司では、これまで酢〆にしたり醤油漬けにしたり、あるいは火を通したりしていた素材も、生のまま扱うことが次第に多くなっていく。種類も増え、大きかった握りも次第に小さくなり、現代の握り寿司と近い形へ変化し始めた時代である。
大正12年（1923年）の関東大震災により壊滅状態に陥った東京から寿司職人が離散し、江戸前寿しが日本全国に広まったとも言われる
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戦後の寿司
第二次世界大戦直後、厳しい食料統制のさなか、1947年（昭和22年）に飲食営業緊急措置令が施行され、寿司店は表立って営業できなくなった。東京では寿司店の組合の有志が交渉に立ち上がり、1合の米と握り寿司10個（巻き寿司なら4本）を交換する委託加工として、正式に営業を認めさせることができた。近畿をはじめ日本全国でこれに倣ったため、日本で寿司店といえば江戸前寿司一色となってしまった。当時を知る職人は、「あらかじめダミーの米を入れる袋を用意して店頭に置き、取り締まりを逃れて営業したこともある」と述べている。
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